Bonn gehört mit der Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität und einer Vielzahl an herausragenden Forschungsinstituten, wie dem Max-Planck-Instituten für Mathematik, Radioastronomie und Erforschung von Gemeinschaftsgütern, dem Deutschen Zentrum für Neurodegenerative Erkrankungen, dem Deutschen Institut für Entwicklungspolitik und dem Forschungszentrum caesar, zu den Top-Wissenschaftsstandorten Deutschlands. Die Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn ist eine der 100 besten Forschungsuniversitäten der Welt. Sie sticht mit zwei DFG Exzellenzclustern und 17 Sonderforschungsbereichen aus der deutschen Universitätslandschaft hervor. Sie ist unter anderem auch Mitglied im Deutschen Zentrum für Infektionsforschung (DZIF) mit einem thematischen Fokus auf Antibiotikaforschung, über den sie mit InfectControl 2020 verbunden ist. Auch die Universität der Vereinten Nationen ist in Bonn mit dem Institute for Environment and Human Security auf dem UN-Campus vertreten. Zusätzlich befinden sich die Geschäftsstellen des Deutschen Akademischen Austauschdienstes (DAAD) und der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG), die Gemeinsame Wissenschaftskonferenz (GWK) und zahlreiche Stiftungen wie die Alexander-von-Humbold-Stiftung oder die Studienstiftung des Deutschen Volkes in Bonn.
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